Od połowy XVI wieku historia odwraca się od świątyni. Najpierw w 1552 roku protestanci "profanują" kościół na polecenie Jana Oleśnickiego - właściciela Chmielnika. Przez wiele lat miał służyć ich celom. Ale czy nadal jako kościół? Źródła znów milczą.
Przed 1580 roku lokowano miasto Chmielnik. Ale nie w miejscu osady o tej nazwie, tylko obok. Osada z kościołem św. Trójcy otrzymuje nazwę Przededworze. W rozwijającym się szybko Chmielniku odbywają się synody kalwińskie. Miasto jest dużym ośrodkiem reformacyjnym.
W połowie XVII wieku podjęto remont kościoła. Podczas prac remontowych zrobiono nowy ołtarz. Nie ruszano jednak murów. Ich zły stan pod koniec XVIII wieku wpłynął na decyzję o rozbiórce. W tym czasie, w Chmielniku już stoi nowy kościół pw. Niepokalanego Poczęcia NMP (od 1742 roku). Z rozbiórki kościoła wyłączono prezbiterium, w nim pozostał barokowy ołtarz i drewniany chór. Pod koniec XIX wieku przeprowadzono kolejny remont ratujący budynek przed zniszczeniem.
Obecnie kościół św. Trójcy znów jest w Chmielniku. Miasto się rozrosło wchłaniając Podedworze. Dotarcie do kościółka nie jest dla przybysza łatwe. Chowa się on za przydrożnymi budynkami i tylko między nimi jest wąskie przejście prowadzące na plac przykościelny z pozostałościami cmentarza przykościelnego. Ponieważ dotarłem tu dość późno (po 20 godzinie), nie miałem szans na wejście na teren kościelny. Pozostało mi tylko zrobić jedno zdjęcie przez zamkniętą bramę. Mam nadzieję, że ten brak zostanie uzupełniony w przyszłości przez użytkowników forum i że mi samemu uda się obejrzeć kościół z bliska.